Kaumudi Bhawe / Bayesian_Causal_Model

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	4856	"a","a","b","c","a","b"
	4857	"a","a","a","a","a","b"
	4858	"b","b","b","a","c","b"
	4859	"b","b","a","b","c","a"
	4860	"a","a","a","a","a","a"
	4861	"a","a","a","a","a","a"
	4862	"b","c","b","a","a","b"
	4863	"c","c","b","b","c","a"
	4864	"c","c","c","b","c","a"
	4865	"a","a","b","c","a","b"
	4866	"b","a","b","c","b","b"
	4867	"c","c","a","b","c","a"
	4868	"b","c","a","b","a","a"
	4869	"b","b","a","b","c","a"
	4870	"b","c","a","b","a","b"
	4871	"b","c","b","a","c","a"
	4872	"b","a","a","b","b","b"
	4873	"c","c","a","c","c","b"
	4874	"a","c","b","a","b","a"
	4875	"a","a","a","a","a","b"
	4876	"a","a","a","a","a","a"
	4877	"a","a","a","a","c","b"
	4878	"a","a","b","a","b","b"
	4879	"b","b","b","a","c","b"
	4880	"a","b","a","c","b","b"
	4881	"b","c","a","a","a","b"
	4882	"a","a","a","b","b","b"
	4883	"a","b","a","a","a","b"
	4884	"a","a","a","a","b","a"
	4885	"b","c","a","b","c","a"
	4886	"c","a","a","a","a","a"
	4887	"c","c","a","c","a","a"
	4888	"b","c","c","c","c","b"
	4889	"a","a","a","c","a","a"
	4890	"c","a","a","c","c","b"
	4891	"b","a","a","b","b","b"
	4892	"a","a","a","a","a","b"
	4893	"c","b","a","c","a","a"
	4894	"c","c","a","c","c","a"
	4895	"c","c","a","c","c","a"
	4896	"a","c","a","a","c","a"
	4897	"c","c","a","c","c","a"
	4898	"c","c","a","c","c","a"
	4899	"c","a","a","c","c","a"
	4900	"c","c","a","c","c","a"
	4901	"b","a","a","b","b","b"
	4902	"b","c","a","b","c","a"
	4903	"b","a","b","c","a","a"
	4904	"a","a","a","a","a","b"
	4905	"c","c","a","c","c","b"
	4906	"c","c","b","c","b","a"
	4907	"c","b","a","c","c","a"
	4908	"c","c","a","c","a","a"
	4909	"c","c","a","c","c","b"
	4910	"b","a","a","c","a","a"
	4911	"b","a","a","b","b","b"
	4912	"a","c","a","c","b","b"
	4913	"c","c","a","c","c","b"
	4914	"b","a","a","a","b","b"
	4915	"a","a","b","b","b","b"
	4916	"c","c","b","b","c","a"
	4917	"c","c","a","a","c","a"
	4918	"a","a","a","a","b","b"
	4919	"a","a","b","c","a","b"
	4920	"b","b","a","b","c","b"
	4921	"a","a","a","a","a","a"
	4922	"c","c","a","c","a","b"
	4923	"c","c","a","c","a","b"
	4924	"c","c","a","c","c","a"
	4925	"c","c","a","c","b","b"
	4926	"b","c","a","b","a","b"
	4927	"c","c","c","b","a","b"
	4928	"a","c","a","a","c","a"
	4929	"a","a","a","a","c","a"
	4930	"b","a","a","c","b","b"
	4931	"b","a","a","b","a","a"
	4932	"c","c","b","b","c","a"
	4933	"b","c","a","b","c","a"
	4934	"c","b","a","b","c","a"
	4935	"b","c","c","a","b","b"
	4936	"b","c","a","b","c","a"
	4937	"a","a","b","c","a","a"
	4938	"b","b","a","b","c","a"
	4939	"c","c","a","c","c","a"
	4940	"a","c","b","c","b","a"
	4941	"b","a","a","b","a","b"
	4942	"b","c","a","b","b","b"
	4943	"c","b","a","a","c","a"
	4944	"c","c","a","a","a","b"
	4945	"c","c","a","b","c","a"
	4946	"a","a","a","b","a","b"
	4947	"b","c","b","a","c","a"
	4948	"c","c","a","c","c","a"
	4949	"c","c","a","c","c","a"
	4950	"a","a","a","a","b","b"
	4951	"c","b","a","c","a","b"
	4952	"c","c","a","c","b","b"
	4953	"c","c","a","c","b","b"
	4954	"a","a","a","a","b","a"
	4955	"a","a","a","a","a","a"
	4956	"b","c","a","c","c","a"
	4957	"b","a","b","a","b","a"
	4958	"b","b","b","a","c","a"
	4959	"b","a","b","a","a","a"
	4960	"c","a","a","a","c","a"
	4961	"b","a","a","b","a","a"
	4962	"a","a","b","c","b","b"
	4963	"b","a","a","b","c","a"
	4964	"c","c","b","b","c","a"
	4965	"a","a","a","a","b","b"
	4966	"c","a","a","c","a","b"
	4967	"b","a","a","a","a","b"
	4968	"c","c","a","c","b","b"
	4969	"c","c","c","b","b","a"
	4970	"c","c","a","a","c","a"
	4971	"b","c","b","b","c","a"
	4972	"b","a","a","b","a","a"
	4973	"c","c","c","b","c","a"
	4974	"b","a","b","b","b","b"
	4975	"a","a","a","a","b","a"
	4976	"a","c","a","a","b","b"
	4977	"b","a","b","a","c","a"
	4978	"c","a","a","b","a","a"
	4979	"a","a","a","a","b","a"
	4980	"b","a","a","b","a","a"
	4981	"c","c","a","c","b","b"
	4982	"b","c","a","b","c","b"
	4983	"b","c","a","c","c","a"
	4984	"b","b","a","b","c","b"
	4985	"b","a","a","a","a","a"
	4986	"c","c","a","c","b","b"
	4987	"a","c","b","b","b","a"
	4988	"b","c","a","b","c","b"
	4989	"b","a","a","a","a","b"
	4990	"b","c","a","b","b","b"
	4991	"a","a","a","a","a","a"
	4992	"a","a","a","a","c","b"
	4993	"c","c","a","c","a","b"
	4994	"c","c","b","b","a","a"
	4995	"a","c","a","b","c","a"
	4996	"b","a","a","b","b","b"
	4997	"a","a","a","a","a","a"
	4998	"c","c","b","b","c","a"
	4999	"b","b","a","b","c","b"
	5000	"a","c","b","c","c","a"
	5001	"a","a","a","a","b","b"
	5002

bnlearn.R

Diff comments View file @ 8375af7

File was created	1
	2	setwd("/home/qja0428/Dropbox/research/Yoo")
	3
	4	library(bnlearn)
	5
	6	data(learning.test)
	7	write.csv(learning.test, "test_data.csv",row.names = F)
	8
	9	dataset = learning.test[1:101,]
	10
	11	a = hc(dataset, score='bde')
	12	plot(a)
	13
	14
	15
	16	dag = hc(learning.test, score = "bde")
	17
	18
	19
	20
	21
	22
	23
	24
	25
	26
	27
	28
	29

myGraph.py

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File was created	1
	2	class Graph:
	3	"""
	4	docstring for graph
	5	"""
	6	def __init__(self):
	7	"""
	8	use 0,1, 2, 3 as vertices
	9	and label the vertices using their variable name
	10	"""
	11	self.vertices = []
	12	self.edges = {} #from key to value (parent -> child)
	13	self.parents = {} #the parents of the key, no label
	14	self.edge_labelling = {}
	15	self.vertice_labelling = {}
	16
	17
	18	def add_edge(self, start, end, label = None):
	19	if label == None:
	20	for s, e in zip(start, end):
	21	self.edges[s].append(e)
	22	self.parents[e].append(s)
	23	else:
	24	for s, e, l in zip(start, end, label):
	25	self.edges[s].append(e)
	26	self.parents[e].append(s)
	27	self.edge_labelling[(s, e)] = l
	28
	29
	30
	31
	32	def add_vertice(self, vertice, label = None):
	33	if label == None:
	34	for v in vertice:
	35	self.vertices.append(v)
	36	self.edges[v] = []
	37	self.parents[v] = []
	38	else:
	39	for v, l in zip(vertice, label):
	40	self.vertices.append(v)
	41	self.vertice_labelling[v] = l
	42	self.edges[v] = []
	43	self.parents[v] = []
	44
	45
	46
	47
	48	def delete_verrtice(self, vertice):
	49	pass
	50
	51	def delete_edge(self, start, end):
	52	pass
	53
	54	def ford_bellman(self, s):
	55	"""
	56	input s is a vertice
	57	output is a dict
	58	Bellman Ford algorithm to calculate the shortest distance
	59	"""
	60	D = {}
	61	inf = len(self.vertices)
	62
	63	for x in self.vertices:
	64	if x in self.edges[s]:
	65	D[x] = 1
	66	else:
	67	D[x] = inf
	68
	69	D[s] = 0
	70
	71	for i in xrange(len(self.vertices) - 2):
	72	for v in self.vertices:
	73	if v != s:
	74	for u in self.vertices:
	75	if v in self.edges[u]:
	76	D[v] = min(D[v], D[u] + 1)
	77
	78	return D
	79
	80
	81	def avg_dist(self):
	82	s = 0
	83	for v in self.vertices:
	84	s += sum(self.ford_bellman(v).values())
	85	return s * 1.0 / (len(self.vertices) ** 2 - len(self.vertices))
	86
	87	def make_undirected(self):
	88	for v in self.vertices:
	89	for w in self.vertices:
	90	if (w in self.edges[v]) and (not v in self.edges[w]):
	91	self.edges[w].append(v)
	92
	93
	94
	95
	96	def fromParents(self, verts, pars):
	97	"""
	98	add edges whose parents have been given
	99	"""
	100
	101	self.vertices = []
	102	for v in verts:
	103	self.add_vertice(v)
	104	self.edges[v] = []
	105
	106	for v, par in zip(verts, pars):
	107	for p in par:
	108	self.add_edge(p, v)
	109
	110
	111	def num_edges(self):
	112	return sum(map(len, self.edges.values()))
	113
	114
	115
	116
	117
	118
	119
	120
	121
	122
	123
	124
	125
	126
	127
	128
	129
	130
	131
	132
	133
	134
	135

myGraph.pyc

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score.py

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File was created	1
	2
	3	import itertools
	4	import math
	5
	6	class score(object):
	7
	8	def __init__(self, graph, data):
	9	"""
	10	graph is a Graph class as we define
	11	data should be an Pandas data frame import from a csv formate file
	12	"""
	13
	14	self.graph = graph
	15	self.data = data
	16	self.n, self.m = data.shape
	17
	18
	19
	20
	21	def state(self):
	22	"""
	23	return the unique states for each variable
	24	return a dict in which the key is i, the ith
	25	number of variable in data
	26	"""
	27
	28	states = {}
	29
	30	for i in xrange(self.m):
	31	states[i] = list(set(self.data.ix[:,i]))
	32
	33	return states
	34
	35
	36
	37
	38
	39
	40	#create dict for ri
	41	ri = {}
	42
	43
	44	#create dict for qi
	45	qi = {}
	46
	47	def getNijk(self):
	48	"""
	49	the output is a dictionary in which the keys are i,
	50	and the values are another dict which the keys are j,
	51	and the values are lists in which (k+1)th is Nijk
	52	"""
	53	Nijk = {}
	54
	55	#get the state for each variable
	56	S = self.state()
	57	#get the num of states for each variable
	58	num_state = {k:len(v) for (k, v) in zip(S.keys(), S.values())}
	59	self.ri = num_state
	60
	61	#start to calculate the Nijk
	62	for i in xrange(self.m):
	63	Nijk[i] = {}
	64
	65	#get the parent for vertice i
	66	p = self.graph.parents[i]
	67
	68	#get the # of possible configurations of the parents of i
	69	#q = np.prod([num_state.get(k) for k in p])
	70
	71	#in the case p is empty
	72	if len(p) == 0:
	73	self.qi[i] = 0
	74	continue
	75
	76	#list all possible configuarations of the parents of i
	77	conf = list(itertools.product(*[S.get(k) for k in p]))
	78
	79	##get the # of possible configurations of the parents of i
	80	q = len(conf)
	81	self.qi[i] = q
	82
	83	for j in xrange(q):
	84	Nijk[i][j] = {}
	85
	86	#get the jth state
	87	conf_j = list(conf[j])
	88
	89	for k in xrange(num_state[i]):
	90	Nijk[i][j][k] = 0
	91
	92	#list all possible
	93	for index, row in self.data.iterrows():
	94	tmp = row.tolist()
	95	if (list(tmp[x] for x in p) == list(conf[j])) & (tmp[i] == S[i][k]):
	96	Nijk[i][j][k] += 1
	97
	98
	99	return Nijk
	100
	101
	102	def BDe(self, prior = None, ess = None):
	103	if ess == None:
	104	ess = float(self.m)
	105
	106
	107	result = 0.0
	108	Nijk = self.getNijk()
	109
	110	for i in xrange(len(Nijk)):
	111	for j in xrange(len(Nijk[i])):
	112	for k in xrange(len(Nijk[i][j])):
	113	nijk = ess/(self.ri[i]*self.qi[i])
	114	result += math.log(math.gamma(Nijk[i][j][k] + nijk)/math.gamma(nijk))
	115
	116
	117	nij = ess/self.qi[i]
	118	Nij = sum(Nijk[i][j].itervalues())
	119	result += math.log(math.gamma(nij)/math.gamma(Nij+nij))
	120
	121	return result

score.pyc

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test.py

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File was created	1	import pandas as pd
	2	#load the data
	3	data = pd.read_csv("BDe_test_data.csv")
	4	data = data.ix[:100]
	5	names = data.columns.values.tolist()
	6	n, m = data.shape
	7
	8	import myGraph
	9	#make the graph
	10	graph = myGraph.Graph()
	11	graph.add_vertice(range(m),label = names)
	12	graph.add_edge([0,0,1,2,4,5],[1,3,4,3,5,2])
	13
	14	import score
	15
	16	myscore = score.score(graph, data)
	17
	18	print myscore.BDe(ess = 10.0)
	19
	20
	21
	22